Interní management představuje řízení projektu uvnitř konsorcia a definuje vztahy mezi jednotlivými projektovými partnery navzájem (případně mezi partnery a jejich třetími stranami, které se podílejí na řešení projektu). Jakým způsobem bude realizována komunikace v projektovém týmu, je důležité vědět od samotného počátku. Evropská komise do interního řízení konsorcia nijak nezasahuje a nechává jej plně v kompetenci koordinátora a konsorciem volených orgánů.
Na management je pro celou dobu projektu vyhrazen zvláštní WP s třemi hlavními cíli:
Struktura projektového konsorcia závisí zejména na velikosti projektu (tzn. počtu partnerů a velikosti rozpočtu) a struktuře projektu (rozdělení na pracovní balíčky či sub-projekty, apod.) Činnosti a pravomoci volených orgánů a partnerů v projektu jsou definovány v konsorciální smlouvě.

Valná hromada se skládá ze zástupců všech projektových partnerů a případně dalších externích odborníků. V projektu zaujímá pouze poradní roli a dohlíží na strategické směřování projektu.
Výkonná rada projektu je složena zpravidla zástupci několika klíčových projektových partnerů (3 – 5), kteří provádí běžná manažerská rozhodnutí, jež implementuje koordinátor projektu.
Koordinátor projektu vystupuje navenek jménem celého konsorcia a zprostředkovává komunikaci mezi Evropskou komisí a partnery. Dohlíží na zpracovávání průběžných zpráv o řešení projektu a předkládá je jménem konsorcia EK. Má přehled o dění v konsorciu, kontroluje plnění dílčích cílů projektu, kvalitu veškerých výstupů, sleduje čerpání z hlediska financí i lidských zdrojů. Je zodpovědný za práci se vznikajícím duševním vlastnictvím a řeší případné neshody mezi partnery a zajišťuje krizový management. U větších projektů je většinou oddělen „vědecký“ a „administrativní“ projektový management. Koordinátor projektu má poté k dispozici administrativního manažera či kancelář, která je zodpovědná za reportování projektu. Administrativou může být nevědecká (konzultantská) instituce nebo může být outsourcována.
Projektový partneři jednají v souladu se svými závazky vůči projektu. Poskytují podle plánu a v odpovídající kvalitě výstupy - deliverables, které jsou jim v Annexu I přiřazeny. Jsou jako celek odpovědni za splnění cílů projektu - kolektivní technická zodpovědnost. Zpracovávají svou vlastní administrativu projektu – v 7.RP jde zejména o řádnou finanční a personální správu projektu. Vedoucí WP odpovídají za plnění úkolů jim svěřenými WP.
Interní reporting
Projekt může být ve fázi návrhu detailně naplánovaný. Nicméně povaha výzkumu je taková, že záležitosti brzy přestanou sledovat naplánovanou trasu. Nutné je aktivní monitorování a včasné rozhodování o nápravných akcích nebo doplnění plánů tak, aby nebyla ztracena kontrola nad projektem.
Pro úspěšnou realizaci projektu je proto důležitá pravidelná kontrola plánu a skutečnosti. Způsoby interního reportingu koordinátorovi projektu jsou upraveny v Konsorciální dohodě. Zpravidla je interní reportování častější a detailnější než vůči Evropské komisi. Jednotliví partneři a vedoucí pracovních balíčků připravují zprávy o pokroku, vynaložených nákladech i čerpaných osobních nákladů. Koordinátor je průběžně informován, dbá na soulad s plánem, na kvalitu výstupů a upozorňuje na případnou potřebu korekčních opatření
Pracovní schůzky
Důležitou součástí každého projektu jsou pravidelná setkání zástupců jednotlivých partnerů. První pracovní schůzky by se měly konat při přípravě návrhu projektu s cílem ujasnit si projektový záměr, jednotlivé pracovní balíčky a seznámit se s ostatními partnery. V průběhu realizace projektu jsou setkání důležitá nejen pro vzájemnou informovanost o dosažených výsledcích. Jsou zde přijímána rozhodnutí o dalším směřování projektu a v souladu s výzkumným plánem v Annexu I definovány postupy, jak cílů dosáhnout. Stejně tak je přijímána během schůzek řada operativních rozhodnutí souvisejících s aktuálním vývojem v projektu.
Oficiálně je projekt zahájen tak zvaným Kick-off Meetingem, který je slavnostně uspořádán za účasti všech projektových partnerů i za přítomnosti projektového úředníka EK. Agenda typicky zahrnuje:
Další projektové meetingy se konají zpravidla jedenkrát až dvakrát ročně v závislosti na velikosti projektu, počtu partnerů a struktuře managementu. Počet setkání volených orgánů konsorcia definuje Konsorciální smlouva. Partneři jsou informování o plánované schůzce písemně. Z každého meetingu je pořízen zápis, který obsahuje agendu, přítomné, hlavní rozhodnutí, úkoly pro jednotlivé partnery pro nadcházející období a termín dalšího setkání.
Další metody interní komunikace
Způsoby další komunikace v projektu jsou zpravidla nastaveny během nebo v krátké návaznosti na Kick-off Meeting. Jedná se zpravidla o:
Všichni partneři musí pochopit, že smysluplná spolupráce vyžaduje investice a úsilí, nevzniká automaticky a není jen papírovou smyšleninou. Koordinátor by také neměl podceňovat důležitost komunikace s projektovým úředníkem EK.